Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu

česká verze     english version   contact






SBÍRKY BAKTERIÍ


VURV–B VURV–R RIBM RIFIS CAPM CCDM CCDBC CCM


Sbírka fytopatogenních a zemědělsky prospěšných bakterií (VURV–B), (VÚRV, v. v. i., Praha)

Sbírka fytopatogenních a zemědělsky prospěšných bakterií (CPABB) patří mezi zakládající sbírky Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu ve VÚRV v.v.i.
Ve Sbírce jsou deponovány kmeny fytokaranténních a fytopatogenních bakterií způsobující významné škody v polních a skleníkových porostech kulturních plodin, okrasných rostlin, ovocných, okrasných a lesních dřevin.
Do Sbírky jsou zařazovány i zemědělsky prospěšné bakterie podporujících růst, vitalitu a výnos širokého spektra rostlin, bakterie s významnými antagonistickými a kompetitivními vlastnostmi vůči fytopatogenním mikroorganismům a dalšími významnými charakteristikami pro zemědělský výzkum a praxi.
Sbírka je udržována pracovníky týmu Rostlinolékařské bakteriologie, jediného pracoviště v ČR specializovaného na bakteriální patogeny rostlin. Naše laboratoře, skleníkové kóje a pokusné pozemky na detašovaném pracovišti ve Slaném mají povolení pro práci s fytokaranténními bakteriemi.

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
V národní databázi je v současnosti zařazeno:
274 kmenů z 20 rodů a 39 druhů fytokaranténních, fytopatogenních, zemědělsky prospěšných a doprovodných bakterií. Jedná se o rody: Agrobacterium, Allorhizobium, Bacillus, Clavibacter, Curtobacterium, Dickeya, Erwinia, Flavobacterium, Leifsonia, Microbacterium, Mycobacterium, Paenibacillus, Pantoea, Pectobacterium, Pseudomonas, Ralstonia, Rhizobium, Stenotrophomonas, Streptomyces a Xanthomonas.

• Aktivity
Průzkum spektra fytokaranténních, fytopatogenních, zemědělsky prospěšných a dalších doprovodných bakterií významných pro produkci a zpracování zemědělských plodin, produkční sady, okrasné zahradnictví a lesní porosty na území ČR.
Komplexní charakteristika jednotlivých kmenů bakterií – mikroskopická, biochemická, genetická, chemická, virulence a dalších specifických vlastností – povrchové napětí, nukleační aktivita, antagonistické vlastnosti, rezistence k přípravkům chemické ochrany.
Příprava, uchovávání a kontrola lyofilizovaných a hluboce zamražených kultur bakteriálních kmenů spektra fytokaranténních, fytopatogenních a zemědělsky prospěšných bakterií ve Sbírce.
Vedení online databáze deponovaných kmenů bakterií a jejich komplexních charakteristik.

• Služby
Poskytování kmenů a poradenství – poskytování deponovaných bakteriálních kmenů s garantovanými charakteristikami pro vědecké a výzkumné účely, poradenství v oblasti kultivace, manipulace a bezpečnosti při práci s bakteriálními kmeny.
Expertní činnost – diagnostika původců bakteriálních chorob rostlin a bakteriálních kontaminantů při zpracování zemědělských plodin v potravinářských technologiích.
Školící a pedagogická činnost– pro pracovníky státní správy, zemědělských firem, diagnostických laboratoří, středních a vysokých škol a studenty.

• Výzkumné aktivity
Testování rezistence genotypů zemědělských plodin, ovocných a okrasných dřevin vůči původcům bakteriálních chorob.
Testování rezistence bakteriálních patogenů k chemickým přípravkům na ochranu rostlin.
Epidemiologie bakteriálních chorob rostlin a genetická variabilita fytopatogenních bakterií.
Studium vlivu chemických a výživových přípravků na diversitu a koncentraci bakteriálních společenstev v epifytní mikroflóře listů ovocných dřevin.

• Mezinárodní spolupráce
National Reference Laboratory, Plant Protection Service a Wageningen University (Netherlands), University of Hamburg (Germany), Research Institute of Pomology and Floriculture (Skierniewice, Poland), Centre of Forestry and Climate Change – Scotland, University of Florida – USA

• Metody uchování kmenů
Kmeny bakterií jsou dlouhodobě uchovávány lyofilizací a kryoprezervací. Lyofilizáty jsou skladovány v lednici při teplotě 4°C a zamražené kmeny při teplotě -90°C. Kontrola uchovávaných kmenů 1x ročně – kontrola všech uvedených charakteristik včetně virulence.

Využití sbírky:
Referenční kmeny – pro diagnostické laboratoře a výzkumné týmy.
Výuka – praktická cvičení a exkurze studentů středních a vysokých škol, řešení diplomových a disertačních prací. Školení a konzultace odborných pracovníků.
Výzkum – testování rezistence kulturních plodin a ovocných a okrasných dřevin vůči bakteriálním patogenům, epidemiologie bakteriálních chorob rostlin a využití zemědělsky prospěšných bakterií jako náhrad za chemické přípravky na ochranu rostlin a jako prostředků pro zlepšení vitality a produkce rostlin.
Mezinárodní výměna – výzkumná pracoviště, university.
Uživatelé, klienti Pracovníci státní správy, vědeckých institucí, středních a vysokých škol, diagnostických laboratoří, šlechtitelských stanic, studenti, zemědělské a zpracovatelské potravinářské podniky.

Kontakt:

Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.
Odbor ochrany plodin a zdraví rostlin (OOPZR)
Tým rostlinolékařské bakteriologie
Drnovská 507
161 06 Praha 6 – Ruzyně

vedoucí /odpovědný pracovník
Ing. Iveta Pánková, Ph.D. – pankovai@vurv.cz, 702 087 647, 233 022 289

další pracovníci
Ing. Václav Krejzar, Ph.D. – krejzar@vurv.cz, 702 087 648, 233 022 470
Ing. Radka Krejzarová, Ph.D.




Sbírka půdních bakterií (VURV–R), (VÚRV, v. v. i., Praha)

Sbírka půdních bakterií vznikla ze Sbírky kultur mikrobů, kterou založil prof. V. Káš v roce 1948. Ta byla později přejmenována na Sbírku rhizobií, která tvoří základ Sbírky půdních bakterií. V současné době sbírka uchovává in vitro kultivovatelné půdní bakterie rodů Rhizobium, Bradyrhizobium, Sinorhizobium a Azotobacter. Izoláty těchto bakterií byly získané při vědecké práci týmu Zemědělská pedologie a pedobiologie VÚRV, v.v.i. či od jiných ústavů a sbírek. Kultury jsou uchovávány ve zkumavkách na šikmých agarových plotnách a zároveň ve formě lyofilizátů. Sbírkové kmeny jsou zdrojem pro práci různých vědeckých ústavů a vysokých škol. Sbírka se aktivně účastní Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu.

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka obsahuje celkem 558 kmenů bakterií, všechny uchovává v rámci Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu.

• Metody uchování kmenů
Kmeny jsou uchovávány v lyofilizované formě a ve zkumavkách se šikmým agarem.

• Služby:
Sbírka poskytuje kultury bakterií pro nekomerční účely po podpisu Dohody o poskytování a nakládání s materiálem (MTA) pro nekomerční využití a po dohodě nabízí servisní bezpečné uložení kmenů prospěšných půdních bakterií zákazníka.

Adresa a kontakty:
Výzkumný ústav rostlinné výroby, v. v. i.
Odbor systémů hospodaření na půdě
Zemědělská pedologie a pedobiologie
Drnovská 507/73
161 06 Praha 6 – Ruzyně
Email: rezacova@vurv.cz
Tel: 233 022 273

Vedoucí sbírky (kurátor):
RNDr. Veronika Řezáčová, Ph.D.,
email: rezacova@vurv.cz,
telefon: 771 136 025

Zástupci vedoucího sbírky:
Ing. Alena Czako email: czako@vurv.cz
RNDr. Hana Gryndlerová, email: gryndlerova@vurv.cz

Další pracovníci: Ing. Tomáš Šimon, CSc.,

Hlízky na kořenech soji

Hlízky na kořenech soji

Uchovávání sbírkových kmenů ve zkumavkách

Kultivace rhizobií na miskách s YEM agarem

Sbírka pivovarských mikroorganismů (RIBM), (VÚPS, a. s., Praha)

Sbírka pivovarských kvasinek vznikla v roce 1946 jako součást sbírky kvasinek a kvasinkovitých mikroorganizmů pod vedením Dr. Kockové-Kratochvílové, od roku 1953 působí samostatně. Kolekce je od roku 1964 členem Federace Českých a slovenských sbírek mikroorganismů a je mezinárodně registrovaná s názvem RIBM pod číslem 655. Svým zaměřením na produkční kmeny pivovarských kvasinek je ojedinělá v oblasti Střední a Východní Evropy. Roku 1996 se Sbírka pivovarských kvasinek stala (jako jedna z velmi specificky zaměřených a průmyslově využitelných sbírek) součástí „Národního programu ochrany genofondu mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu a jejich využití v referenční diagnostice“. Tento projekt je také podporován českou vládou formou dotace Ministerstvem zemědělství ČR. Program je veden Radou genetických zdrojů mikroorganismů, která sleduje závazné zachování funkční existence sbírek mikroorganismů odpovídajícího charakteru.


• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka RIBM obsahuje dvě oddělené sbírky, Sbírku pivovarských kvasinek a Sbírku bakterií, a divokých a vinařských kvasinek. Sbírka v současné době zahrnuje celkem 308 kmenů kvasinek a bakterií. Nejvýznamnější část sbírky tvoří kolekce 118 kmenů kulturních pivovarských kvasinek Saccharomyces pastorianus a S. cerevisiae, shromažďovaných průběžně od roku 1953 z českých i zahraničních pivovarů. Sbírka divokých a vinařských kvasinek obsahuje 79 kmenů řazených do rodů Saccharomyces, Torulaspora, Zygosaccharomyces, Dekkera, Williopsis, Pichia, Schizosaccharomyces, Saccharomycodes, Candida, Kloeckera a Rhodotorula. Ve Sbírce bakterií je deponováno 108 kmenů rodů Lactobacillus, Leuconostoc, Pediococcus, Tetragenococcus, Lactococcus a 3 kmeny rodu Pectinatus.


• Metody uchování kmenů
Sbírky pivovarských a divokých kvasinek jsou vedeny na sladinových agarech pod zaparafinovanou vatovou zátkou a současně na sladinových agarech převrstvených sterilním parafinovým olejem odděleně v chladícím boxu. Tyto osvědčené způsoby vedení kultur umožňují dodání kmene žadateli rychle a v aktivním stavu na šikmém agaru, případně rozkvašené do 1,5 l mladiny, což usnadňuje převedení produkčního kmene do výroby. Od roku 2006 jsou kmeny pivovarských kvasinek uchovávány v kryozkumavkách s ochranným médiem v tekutém dusíku při teplotě -196°C. Uložení v tekutém dusíku (kryoprezervace) je považováno za optimální způsob dlouhodobého uchovávání kvasinek v životaschopném stavu. Bakterie mléčného kvašení jsou paralelně uchovávány v polotučném mléce, v kapalném dusíku a v lyofilizovaném stavu.


Využití sbírky:
Sbírkové kmeny jsou primárně využívány pro výzkumné projekty řešené VÚPS a dalšími výzkumnými organizacemi (MSM6019369701, 1M0570, 2B08022, 2A-2TP1/031, FI-IM5/067, QF3299, QI91B226 atd.). Kmeny jsou dále využívány pro výuku a diplomové a doktorské práce na vysokých školách.

• Hlavní uživatelé služeb Sbírky
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (výzkum, diplomové a doktorské práce)
Univerzita Karlova v Praze (výzkum, diplomové a doktorské práce)
Přírodovědecká fakulta Masarykovy Univerzity v Brně (diplomové a doktorské práce)
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i. v Praze (výzkum)
Univerzita Tomáše Bati ve Zlíně (výzkum)
Technická univerzita v Liberci (výuka)


Kontakt:
Výzkumný ústav pivovarský a sladařský, a.s.
Lípová 15
120 44 Praha 2

• vedoucí/kurátor sbírky
Ing. Petra Kubizniaková
kubizniakova@beerresearch.cz,
tel.: 224 900 152
• zástupce kurátora
RNDr. Dagmar Matoulková, Ph.D.
matoulkova@beerresearch.cz
tel.: 224 900 132

webové stránky: https://www.beerresearch.cz

Sbírka průmyslově využitelných mikroorganismů (RIFIS),
(VÚPP, v. v. i.)

Aktivity, výzkumné aktivity, služby:
Sbírka zajišťuje potřeby v oblasti potravinářské a zemědělské. Kmeny jsou využívány pro zpracování potravinářských a zemědělských komodit, pro potřeby kontrolní analytické činnosti a výzkumné úkoly řešené ve VUPP i jinde.

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka obsahuje bakterie, kvasinky a plísně důležité v potravinářském průmyslu a zemědělství (celkem 150 kmenů, z toho 125 kmenů kvasinek, 17 kmenů bakterií a 8 kmenů plísní).

• Metody uchování kmenů
Kmeny se uchovávají na šikmých agarech v aktivním stavu.

Využití sbírky:
• Využití kmenů
Nejpočetnější skupinou mikroorganismů ve sbírce jsou kvasinky – 125 kmenů. Jsou to jednak kmeny alkoholového kvašení a kmeny drožďárenské, využívané v příslušných oborech, zejména v oblasti výzkumu. Dále jsou ve sbírce i kmeny, které jsou využívané pro speciální výroby, např. kmeny schopné likvidovat ropné materiály a kmeny schopné produkovat potravinářsky využitelné cheláty esenciálních stopových prvků a kmeny, které se využívají pro výrobu speciálních dietetik.
Druhou skupinou mikroorganismů ve sbírce jsou bakterie – 17 kmenů. Některé z nich jsou využívány pro mikrobiologické analytické metody, jiné jsou používány pro testování netradičních potravin působících antibakteriálně.
Třetí skupinou mikroorganismů ve sbírce jsou plísně – 8 kmenů. Většina těchto kmenů jsou producenti enzymů, které mají využití v potravinářském průmyslu a zemědělství. Jsou to amylasy, glukoso oxidasa, celulasy a amyloglukosidasa.

• Uživatelé a klienti
Uživatelé sbírky jsou především výzkumné ústavy pracující v oboru mikrobiologie, potravinářských výrob a zemědělství. Příkladem klientů je např. Laboratoř enzymových technologií MBÚ AV ČR Praha, Laboratoř biologie a mikrobiologie – Ústav ekologie krajiny AV ČR, České Budějovice, Výzkumný ústav pivovarský a sladařský, Výzkumný ústav antibiotik a biotransformací Praha a jiné.

Kontakt:

Odpovědný řešitel/kurátor: Ing. Marian Urban, Ph.D.
tel.: 737 287 003
marian.urban@vupp.cz
Zástupce odpovědného řešitele: Ing. Zdeněk Moučka
tel.: 737 287 009
zdenek.moucka@vupp.cz
Pracoviště: Výzkumný ústav potravinářský Praha, v.v.i.
tel: 296792209


Sbírka zoopatogenních mikroorganismů (CAPM),
(VÚVeL, v. v. i., Brno)

Sbírka zoopatogenních mikroorganismů (CAPM) byla založena v roce 1962. V současné době je součástí Oddělení bakteriologie Výzkumného ústavu veterinárního lékařství, v.v.i. v Brně.

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka je zaměřena na získávání, uchovávání a poskytování kultur živočišných virů a zoopatogenních bakterií významných z hlediska veterinární medicíny a obecné a speciální mikrobiologie. CAPM uchovává téměř 600 kmenů virů a více než 1500 kmenů bakterií, přibližně polovina těchto kmenů je nabízena odborné veřejnosti.

• Aktivity/výzkumné aktivity, služby
Hlavní aktivity sbírky jsou spojeny s deponováním, uchováváním a distribucí kultur. CAPM poskytuje kultury mikroorganismů v lyofilizované formě za podmínek uvedených v Dohodě o nakládání s materiálem (MTA).

• Ostatní služby
Deponování kultur bakterií a virů k účelům patentového řízení na národní úrovni; bezpečné uložení kultur v CAPM; lyofilizace kultur nebo jiného biologického materiálu; poradenská činnost.

• Metody uchovávání kmenů
Většina kmenů je uchovávána v lyofilizovaném stavu, v kapalném dusíku a při teplotě -80 °C.

• Systémy kvality, interní normy, správná laboratorní praxe
Laboratorní práce jsou prováděny v souladu se schválenou metodikou „Standardní postup konzervace, uchování, charakterizace a dokumentace genetických zdrojů“.

• Začlenění do národních a mezinárodních organizací/platforem (WFCC, ECCO, FCCM, …), jiné mezinárodní aktivity
Sbírka je členem Světové federace sbírek kultur (World Federation for Culture Collections - WFCC), Organizace evropských sbírek kultur (European Culture Collections' Organisation - ECCO) a Federace československých sbírek mikroorganismů (FCCM).

Využití sbírky:
• Využití kmenů
Sbírkové kmeny jsou využívány zejména k vědecko-výzkumným, diagnostickým a výukovým účelům. Kromě zemědělství, školství či zdravotnictví nalézají uplatnění také v oblasti farmaceutického průmyslu a biotechnologie.
• Uživatelé, klienti
CAPM poskytuje kultury bakterií a virů různým laboratořím, školám a vědeckým institucím v ČR i zahraničí.

Kontakt:

Sbírka zoopatogenních mikroorganismů (CAPM)
Výzkumný ústav veterinárního lékařství,
v.v.i. Hudcova 70,
621 00 Brno
Česká republika
telefon 533 332 131
fax 541 211 229
webové stránky: CAPM

vedoucí/odpovědný pracovník
MVDr. Markéta Reichelová – vedoucí CAPM a kurátorka sbírky bakterií
reichelova@vri.cz

další pracovníci:
Mgr. Hana Malenovská – kurátorka sbírky virů
malenovska@vri.cz


Hlubokomrazící boxy pro dlouhodobé uchovávání kultur při teplotě -80 °C


Testování citlivosti bakterií k antibiotikům pomocí diskové difuzní metody - výsledky (Listeria monocytogenes, kmen CAPM 5168)


Biochemická identifikace bakterií pomocí systému api NH - výsledky (Actinobacillus pleuropneumoniae, kmen CAPM 5870)


Práce s nebezpečnými patogeny v BSL3 laboratoři


Salmonella enterica subsp. enterica, serovar Enteritidis na XLD agaru


Určení sérologických skupin A, B, C, D, F a G u streptokoků latex-aglutinační diagnostickou soupravou (Microgen Strep latex test)


Ampule s lyofilizovanou kulturou



Sbírka mlékárenských mikroorganismů Laktoflora® (CCDM), (Milcom, a. s., Tábor)

Sbírka mlékárenských mikroorganismů Laktoflora® (CCDM) je unikátní tuzemskou kolekcí bakteriálních jednodruhových i směsných kultur a houbových mikroorganismů izolovaných z různých mlékařských výrobků a provozů. Činnost sbírky byla zahájena již v roce 1956 v Praze a v současné době se nachází na pracovišti Výzkumného ústavu mlékárenského v Táboře (areál společnosti MILCOM a.s.). Ve sbírce Laktoflora® bylo v roce 2021 evidováno celkem 974 kmenů. Převážná část bakteriálních kultur je uchovávána v lyofilizovaném stavu a zároveň pomocí kryoprezervace v hlubokomrazícím boxu. Kvasinky, vláknité houby a povrchově rostoucí bakteriální kmeny jsou vedeny na živném agarovém médiu a rovněž jsou také uchovávány metodou kryokonzervace. Provoz sbírky je významnou měrou financován v rámci Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu (NPGZM). Součástí sbírky CCDM je od roku 2019 tzv. sbírka pekařská, do které jsou zařazovány kmeny bakterií a kvasinek využitelné v pekárenství. Jedná se převážně o kmeny izolované z kvasů se specifickým technologickými vlastnostmi.

Charakteristika sbírky, počty kultur
V bakteriální části sbírky bylo v roce 2021 deponováno celkem 810 kmenů. Z tohoto počtu tvoří převážnou část (741) bakterie mléčného kvašení (monokultury-580, směsné kultury- 161). Monokultury bakterií mléčného kvašení jsou zastoupeny zejména rody Lactobacillus, Bifidobacterium, Enterococcus, Lactococcus, Streptococcus a Propionibacterium. Do směsných kultur patří kultury jogurtové a smetanové. Sbírka CCDM bude nadále pokračovat v cíleném rozšiřování stávající sbírky o nové izoláty s funkčními vlastnostmi odpovídajícími současným trendům a požadavkům mlékárenského průmyslu. Přidružená sbírka pekárenských kmenů obsahuje 46 bakteriálních kmenů a nadále se bude rozšiřovat.

Metody uchování kmenů
Sbírka pro uchovávání bakteriálních kmenů využívá tří metod:
• lyofilizace: určena pro dlouhodobé uchovávání bakterií mléčného kvašení, interval obnovy je nastaven na 5-8 let
• šikmé živné agary ve zkumavkách: krátkodobé uchovávání povrchově rostoucích bakteriálních kmenů, interval obnovy 1 rok
• kryoprezervace: pro všechny bakteriální kmeny, interval obnovy je 5 let

Systémy kvality, interní normy, správná laboratorní praxe
Činnost sbírky je definována Směrnicí pro řízení činnosti sbírky dle ČSN EN ISO 9001. Na základě kontrolních auditů byl sbírce Laktoflora® v roce 2002 udělen certifikát. Činnost sbírky je dále zajišťována podle vnitřní směrnice. Veškeré způsoby deponace jsou popsány v řízených dokumentech.

Služby
• bezplatné poskytování sbírkových kmenů v rámci národního programu (NPGZM) výukovým a výzkumným institucím
• zakázková izolace, kultivace a identifikace kmenů
• možnost dlouhodobé deponace vlastních kmenů ve sbírce
• odborná poradenská a konzultační činnost

Začlenění do národních a mezinárodních organizací
Sbírka CCDM je součástí Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů rostlin, zvířat a mikroorganismů významných pro výživu a zemědělství (NPGZM). Na mezinárodní úrovni sbírka spolupracuje se sbírkami CBS, Westerdijk Institute (Holandsko), MIRRI (Francie), CCY (Slovensko). Sbírka CCDM je dále evidována v National Library of Medicine Database Maintenance Project a dále ve World Data Centre for Microorganisms (WFCC 874).

Kontakt:

Sbírka mlékárenských mikroorganismů Laktoflora®
MILCOM a.s.
Sbírka mlékárenských mikroorganismů
Výzkumný ústav mlékárenský
Soběslavská 841
390 02 Tábor
Tel./Fax: 381 252 980
Mobil: 723679012
e-mail: sbirka@vum-tabor.cz

Ing. Miloslava Kavková, Ph.D., vedoucí sbírky CCDM
m.kavkova@vum-tabor.cz
+420 723 679 012

Mgr. Ladislav Bár, kurátor sbírky CCDM
l.bar@vum-tabor.cz
+420 733 591 080

www.ccdm.cz

Uzavírání vialek před lyofilizací

Lyofilizátor Cryodos 50

Deponace lyofilizovaných kultur

Mikroskop Olympus BX-43

Mikroskopická kontrola kultur

Thermal cycler Biometra

Biohazard flow box

Kryoprezervace v mrazícím boxu

Kultury v bujonech a v lyofilizované formě

Česká sbírka mikroorganismů (CCM), (MU, Brno)

Sbírka mikroorganismů vztahujících se k potravinářským technologiím a produktům (dále jen Sbírka) se do Národního programu genetických zdrojů mikroorganismů (NPGZM) zapojila v roce 2019. Jedná se o vybranou kolekci přibližně 200 kmenů bakterií z fondů České sbírky mikroorganismů (CCM), která reprezentuje specializované vědecko-servisní pracoviště Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity (PřF MU).

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka uchovává kultury mikroorganismů ze skupin grampozitivních tyček a koků (kmen Firmicutes) a gramnegativních tyček (kmen Proteobacteria) významných v potravinářském průmyslu, které nachází uplatnění v základním a aplikovaném výzkumu, průmyslu, biotechnologiích i ve výuce. Tyto vybrané kmeny doplňují spektrum potravinářsky významných mikroorganismů deponovaných v rámci NPGZM.

• Aktivity/výzkumné aktivity
Hlavní aktivity Sbírky jsou spojeny s deponováním, uchováváním a distribucí kultur. Řada kmenů uložených ve Sbírce je unikátních a Sbírka průběžně doplňuje svoje fondy, čímž aktivně přispívá k uchování genofondu a ochraně biodiverzity mikroorganismů ex situ. Výzkumné aktivity realizované v rámci projektů národních grantových agentur jsou zaměřeny na oblast taxonomie.

• Služby
Sbírka poskytuje lyofilizované kultury mikroorganismů vztahující se k potravinářským technologiím a produktům (typové kultury, referenční a produkční kmeny). Všechny kultury jsou distribuovány za podmínek uvedených v Dohodě o nakládání s materiálem (Material Transfer Agreement, MTA) a podle pravidel OECD Best Practice Guidelines for BRCs a WFCC Culture Collections Guidelines.
Dále jsou nabízeny odborné konzultace především na téma taxonomie bakterií a vláknitých hub, jejich izolace, kultivace, identifikace a bezpečnosti práce s mikroorganismy nebo možnost dlouhodobého uchovávání kultur zákazníka.

• Mezinárodní spolupráce
V rámci svého začlenění do struktury CCM, která je členem Světové federace sbírek kultur (World Federation for Culture Collections), Organizace evropských sbírek kultur (European Culture Collections‘ Organisation) a Federace československých sbírek mikroorganismů Sbírka aktivně spolupracuje s mnoha tuzemskými i zahraničními pracovišti.

• Metody uchování kmenů
Dlouhodobé uchovávání životaschopných kultur je u všech sbírkových kmenů zabezpečeno trojím způsobem, a to jednak metodou kryoprezervace (lyofilizace), dále pak uložením v kapalném dusíku (-196 °C) a v hluboko mrazicím boxu (-70 °C).

• Systém kvality, interní normy, správná laboratorní praxe
V roce 2006 byl na pracovišti CCM, pod které spadá i výše uvedená Sbírka v rámci NPGZM, zaveden systém managementu kvality odpovídající požadavkům normy ČSN EN ISO 9001:2001. S platností od 4. června 2017 proběhla recertifikace pracoviště podle nově zavedené normy EN ISO 9001:2015. Veškeré laboratorní práce ve Sbírce jsou prováděny v souladu se schválenou metodikou Standardních operačních postupů a Správné laboratorní praxe. Formát uchovávaných dat je založen na standardu MINE (Microbial Information Network Europe).

Využití sbírky:

• Využití kmenů
Sbírkové kmeny jsou využívány především k vědecko-výzkumným a výukovým účelům. Mezi uživatele patří zdravotnické organizace, dále veterinární správa, veřejné výzkumné instituce, veřejné vysoké školy, laboratoře mikrobiologie vod a potravin, zemědělské laboratoře i soukromé výzkumné instituce a státní orgány a ústavy.

Kontakt:

Česká sbírka mikroorganismů
Ústav experimentální biologie PřF MU
Kamenice 5, budova A25, 625 00 Brno, Česká republika
Telefon: +420-549491430
Webové stránky https://www.sci.muni.cz/ccm

Pracovní kontakt:

Vedoucí/odpovědný pracovník
doc. RNDr. Ivo Sedláček, CSc., vedoucí CCM
ivo@sci.muni.cz, +420-549496922

Další pracovníci
Ing. Sylva Koudelková, Ph.D., kurátor sbírky bakterií
sylvak@sci.muni.cz
Ing. Monika Laichmanová, Ph.D. kurátor sbírky mikroskopických hub
monikadr@sci.muni.cz


Sbírka mlékárenských a pekárenských kontaminantů (CCDBC), (Milcom, a. s., Tábor)

Sbírka mlékárenských a pekárenských kontaminantů (CCDBC) vznikla v roce 2019 s podporou Ministerstva zemědělství ČR jako součást Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů rostlin, zvířat a mikroorganismů významných pro výživu a zemědělství (NPGZM). Sbírka sídlí na pracovišti Výzkumného ústavu mlékárenského v Táboře (areál společnosti MILCOM a.s.) a zabývá se uchováváním kmenů bakterií, kvasinek a vláknitých hub, které kontaminují mlékárenské a pekárenské produkty a mají vzhledem ke svým vlastnostem potenciál pro využití v dalším výzkumu.
Během dvou let svého trvání se sbírka rozšířila na 79 kontaminujících kmenů. Do budoucna se sbírka bude rozšiřovat mimo jiné i o izoláty z pekárenských provozů, zejména z různých kvasů, v souladu s řešením projektů NAZV, které jsou zaměřené na antifungální aktivitu a funkční a technologické vlastnosti mikroorganismů v mléčných výrobcích a kvasech.

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
V bakteriální části sbírky bylo v roce 2021 deponováno 23 kmenů vyskytujících se jako kontaminanty v mlékárenském a pekárenském průmyslu. Jedná se o bakterie pocházející z různých druhů sýrů, mléka a mlékárenských provozů. Početnou skupinu uložených bakteriálních kontaminantů tvoří rod Bacillus. Jedná se o grampozitivní sporulující tyčinky, které tvoří velmi odolné endospory. Díky nim jsou schopné přežívat vysoké teploty, působení dezinfekčních prostředků atd. a mohou tak být v provozech velmi problematické. Mezi další zástupce sporotvorných bakterií patří např. Clostridium butyricum, která je známá tvorbou plynů a kyseliny máselné v mlékařských výrobcích a způsobuje duření sýrů. Deponovaní zástupci rodu Stafylococcus jsou častým kontaminantem mléčných výrobků zejména z nepasterizovaného mléka. Bakterie rodu Pseudomonas rostou při poměrně nízkých (chladírenských) teplotách (3-7 °C) a produkují v mléce a mléčných produktech nežádoucí lipázy a proteázy. Dalšími zástupci deponovaných bakteriálních kontaminantů jsou zástupci rodů Psychrobacter, Kurtia, Kocuria, Corynebacterium, Lactococcus a Macrococcus.

• Metody uchování kmenů
Sbírka pro uchovávání bakteriálních kmenů využívá dvě metody: lyofilizaci a kryoprezervaci. Metoda lyofilizace je využívána pro dlouhodobou deponaci kultur a je prováděna externě v centrální laboratoři NPGZM na pracovišti VÚRV v.v.i. Pro tento typ skladování je předpokládáný interval obnovy 3-5 let. Jako alternativní metoda k lyofilizaci je uplatňována metoda kryoprezervace s intervalem obnovy 5 let.

• Systémy kvality, interní normy, správná laboratorní praxe
Sbírka mlékárenských a pekárenských kontaminantů plně převzala systém managementu kvality ISO 9001, který byl na pracovišti, kde sbírka sídlí, zaveden v roce 2002 v rámci sbírky mlékárenských mikroorganismů - Laktoflora®. Činnost sbírky je dále zajišťována podle vnitřní směrnice. Veškeré způsoby skladování jsou popsány v řízených dokumentech.

• Služby
bezplatné poskytování sbírkových kmenů v rámci národního programu (NPGZM) výukovým a výzkumným institucím
zakázková izolace, kultivace a identifikace kmenů kontaminujících mlékárenské a pekárenské výrobky, provozy a technologie
odborná poradenská a konzultační činnost

• Začlenění do národních a mezinárodních organizací
Nově vzniklá sbírka CCDBC je součástí Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů rostlin, zvířat a mikroorganismů významných pro výživu a zemědělství (NPGZM). Do žádného z mezinárodních systémů zatím začleněna není.

Kontakt:

Sbírka mlékárenských a pekárenských kontaminantů
MILCOM a.s., Soběslavská 841, 390 02 Tábor, Česká republika
Tel.: +420 733 591 080, www.ccdm.cz

Ing. Miloslava Kavková, Ph.D., vedoucí sbírky CCDBC
m.kavkova@vum-tabor.cz
+420 723 679 012
Ing. Zuzana Dlouhá, kurátor sbírky CCDBC
z.dlouha@vum-tabor.cz
+420 733 591 080


Biohazard flow box


Kryoprezervace v mrazícím boxu


Makroskopická kontrola sbírkových kmenů (Macrococcus caseolyticus, TSBKA agar, 37 °C, 3 dny)


Mikroskopická kontrola sbírkových kmenů (Kurthia gibsonii)


Mikroskop Olympus BX-43


Thermal cycler Biometra