Sbírka fytopatogenních a zemědělsky prospěšných bakterií (VURV–B), (CARC, v. v. i., Praha)

Sbírka fytopatogenních a zemědělsky prospěšných bakterií (CPABB) patří mezi zakládající sbírky Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu v CARC v.v.i.
Ve Sbírce jsou deponovány kmeny fytokaranténních a fytopatogenních bakterií způsobující významné škody v polních a skleníkových porostech kulturních plodin, okrasných rostlin, ovocných, okrasných a lesních dřevin.
Do Sbírky jsou zařazovány i zemědělsky prospěšné bakterie podporujících růst, vitalitu a výnos širokého spektra rostlin, bakterie s významnými antagonistickými a kompetitivními vlastnostmi vůči fytopatogenním mikroorganismům a dalšími významnými charakteristikami pro zemědělský výzkum a praxi.
Sbírka je udržována pracovníky týmu Rostlinolékařské bakteriologie, jediného pracoviště v ČR specializovaného na bakteriální patogeny rostlin. Naše laboratoře, skleníkové kóje a pokusné pozemky na detašovaném pracovišti ve Slaném mají povolení pro práci s fytokaranténními bakteriemi.

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
V národní databázi je v současnosti zařazeno:
274 kmenů z 20 rodů a 39 druhů fytokaranténních, fytopatogenních, zemědělsky prospěšných a doprovodných bakterií. Jedná se o rody: Agrobacterium, Allorhizobium, Bacillus, Clavibacter, Curtobacterium, Dickeya, Erwinia, Flavobacterium, Leifsonia, Microbacterium, Mycobacterium, Paenibacillus, Pantoea, Pectobacterium, Pseudomonas, Ralstonia, Rhizobium, Stenotrophomonas, Streptomyces a Xanthomonas.

• Aktivity
Průzkum spektra fytokaranténních, fytopatogenních, zemědělsky prospěšných a dalších doprovodných bakterií významných pro produkci a zpracování zemědělských plodin, produkční sady, okrasné zahradnictví a lesní porosty na území ČR.
Komplexní charakteristika jednotlivých kmenů bakterií – mikroskopická, biochemická, genetická, chemická, virulence a dalších specifických vlastností – povrchové napětí, nukleační aktivita, antagonistické vlastnosti, rezistence k přípravkům chemické ochrany.
Příprava, uchovávání a kontrola lyofilizovaných a hluboce zamražených kultur bakteriálních kmenů spektra fytokaranténních, fytopatogenních a zemědělsky prospěšných bakterií ve Sbírce.
Vedení online databáze deponovaných kmenů bakterií a jejich komplexních charakteristik.

• Služby
Poskytování kmenů a poradenství – poskytování deponovaných bakteriálních kmenů s garantovanými charakteristikami pro vědecké a výzkumné účely, poradenství v oblasti kultivace, manipulace a bezpečnosti při práci s bakteriálními kmeny.
Expertní činnost – diagnostika původců bakteriálních chorob rostlin a bakteriálních kontaminantů při zpracování zemědělských plodin v potravinářských technologiích.
Školící a pedagogická činnost– pro pracovníky státní správy, zemědělských firem, diagnostických laboratoří, středních a vysokých škol a studenty.

• Výzkumné aktivity
Testování rezistence genotypů zemědělských plodin, ovocných a okrasných dřevin vůči původcům bakteriálních chorob.
Testování rezistence bakteriálních patogenů k chemickým přípravkům na ochranu rostlin.
Epidemiologie bakteriálních chorob rostlin a genetická variabilita fytopatogenních bakterií.
Studium vlivu chemických a výživových přípravků na diversitu a koncentraci bakteriálních společenstev v epifytní mikroflóře listů ovocných dřevin.

• Mezinárodní spolupráce
National Reference Laboratory, Plant Protection Service a Wageningen University (Netherlands), University of Hamburg (Germany), Research Institute of Pomology and Floriculture (Skierniewice, Poland), Centre of Forestry and Climate Change – Scotland, University of Florida – USA

• Metody uchování kmenů
Kmeny bakterií jsou dlouhodobě uchovávány lyofilizací a kryoprezervací. Lyofilizáty jsou skladovány v lednici při teplotě 4°C a zamražené kmeny při teplotě -90°C. Kontrola uchovávaných kmenů 1x ročně – kontrola všech uvedených charakteristik včetně virulence.

Využití sbírky:
Referenční kmeny – pro diagnostické laboratoře a výzkumné týmy.
Výuka – praktická cvičení a exkurze studentů středních a vysokých škol, řešení diplomových a disertačních prací. Školení a konzultace odborných pracovníků.
Výzkum – testování rezistence kulturních plodin a ovocných a okrasných dřevin vůči bakteriálním patogenům, epidemiologie bakteriálních chorob rostlin a využití zemědělsky prospěšných bakterií jako náhrad za chemické přípravky na ochranu rostlin a jako prostředků pro zlepšení vitality a produkce rostlin.
Mezinárodní výměna – výzkumná pracoviště, university.
Uživatelé, klienti Pracovníci státní správy, vědeckých institucí, středních a vysokých škol, diagnostických laboratoří, šlechtitelských stanic, studenti, zemědělské a zpracovatelské potravinářské podniky.

Kontakt:

Národní centrum zemědělského a potravinářského výzkumu (CARC), v. v. i.
Odbor ochrany plodin a zdraví rostlin (OOPZR)
Tým rostlinolékařské bakteriologie
Drnovská 507
161 00 Praha 6 – Ruzyně

vedoucí /odpovědný pracovník
Ing. Iveta Pánková, Ph.D. – iveta.pankova@carc.cz, 702 087 647, 233 022 289

další pracovníci
Ing. Václav Krejzar, Ph.D. – vaclav.krejzar@carc.cz, 702 087 648, 233 022 470
Ing. Radka Krejzarová, Ph.D.