Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu

 česká verze     english version   kontakt






SBÍRKY VIRŮ A FYTOPLAZEM


VURV-V SVOR SPCH UPOC-VIR-FLO CAPM VIRUBRA CFVS


Sbírka fytopatogenních virů (VURV–V), VÚRV, v. v. i., Praha

V 80. letech minulého století vznikla potřeba katalogizovat některé izoláty virů, se kterými se pracovalo na pracovišti virologie VURV v Praze-Ruzyni. Sbírka se postupně rozrůstala tak, jak se zvyšovaly počty izolátů virů a počet řešených výzkumných projektů.

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Ve sbírce jsou udržovány hospodářsky významné viry obilnin, zeleniny, ovocných dřevin, chmele a révy vinné. Sbírka obsahuje 91 různých kmenů a izolátů fytopatogenních virů rostlin a tři izoláty evropské žloutenky peckovin. Počty položek sbírky se mění tak, jak jsou z přírodních zdrojů získávány nové izoláty.
Sbírka obsahuje kmeny a izoláty Agropyron mosaic virus, Alfalfa mosaic virus, Apple chlorotic leaf spot virus, Apple mosaic virus, Apple stem grooving virus, Apple stem pitting virus, Arabis mosaic virus, Barley yellow dwarf virus, Bean common mosaic virus, Beet chlorosis virus, Beet yellows virus, Broad bean wilt virus-1, Broad bean wilt virus-2, Brome mosaic virus, Cauliflower mosaic virus, Cherry leaf roll virus, Cocksfoot streak virus, Cucumber mosaic virus, European mountain ash ringspot-associated virus, Grapevine fleck virus, Grapevine leafroll-associated virus 1-A, Grapevine leafroll-associated virus 1-B, Grapevine rupestris vein feathering virus, Grapevine virus A, Grapevine virus B, Hop mosaic virus, Lettuce mosaic virus, Lolium latent virus, Myrobalan latent ring spot virus, Oat necrotic mottle virus, Pea enation mosaic virus, Pepper mild mottle virus, Pleione flower breaking virus, Plum pox virus, Potato potyvirus Y, Prunus necrotic ringspot virus, Rupestris stem pitting associated virus, Ryegrass mosaic virus, Squash mosaic virus, Strawberry latent ring spot virus, Tobacco ringspot virus, Tomato aspermy virus, Tomato mosaic virus, Turnip mosaic virus, Turnip yellow mosaic virus, Watermelon mosaic virus 2, Wheat dwarf virus, Wheat streak mosaic virus a Zucchini yellow mosaic virus.

• Aktivity/výzkumné aktivity, služby
Jednotlivé izoláty virů sbírky jsou využívány při expertní činnosti jako srovnávací standardy; jsou používány nejen při výzkumu např. rezistence rostlin, ale také pro vyloučení falešných pozitivních nálezů příměsí GMO rostlin (CaMV); jsou poskytovány dalším zájemcům pro studium a výzkum. Postupně jsou izoláty virů sbírky charakterizovány biologicky a molekulárně.

• Metody uchovávání
Stabilní fytoviry a izoláty virů jsou udržovány v uzavřených nádobách v dehydratovaných listech, které jsou uchovávány při teplotě +2 až +6 °C a zároveň konzervovány v zamraženém stavu při teplotě -70 °C, aby byla zajištěna záloha pro případ ztráty infekčnosti zasušeného izolátu. Dále je využívána lyofylizace a kryokonzervace v tekutém dusíku. Fytoviry, které nesnášejí uvedené způsoby konzervace, jsou udržovány pasážováním na živých hostitelských rostlinách mechanicky nebo pomocí hmyzího vektoru, např. mšicemi (Myzus persicae, Rhopalosiphum padi) nebo pomocí kříska polního (Psammotettix alienus). Infikované rostliny jsou pěstovány izolovaně ve skleníkových kójích, dřeviny a réva vinná v technickém izolátu.

• Systémy kvality, interní normy, správná laboratorní praxe
Jednotlivé izoláty virů sbírky jsou pravidelně dle předpokládané stability v neaktivním stavu pasážovány na nové hostitelské rostliny izolovaně ve skleníkových kójích v různých termínech tak, aby nemohlo dojít k záměně nebo smíšení jednotlivých izolátů. Pracovník zodpovědný za svěřený izolát viru zjišťuje přítomnost viru v hostitelské rostlině hodnocením příznaků a pomocí ELISA, PCR nebo elektronovou mikroskopií. Rostliny infikované karanténními viry lze pěstovat pouze ve speciálním izolovaném karanténním skleníku. Izoláty těchto virů nelze vyměňovat s dalšími pracovišti bez předchozího souhlasu MŽP.

• Začlenění do národních a mezinárodních organizací/platforem
Řešitelé jsou členy European Plant Protection Organization, Panel on Fruit Tree Viruses, International Council for the Study of Virus and Virus-like Diseases of the Grapevine, Temperate Fruit Virus Working Group, International Society for Horticultural Science (ISHS), International Working Group on Legume and Vegetable Viruses, Small Fruit Virus Working Group, Plum Pox Working Group, European Foundation for Plant Pathology, International Foundation for Science – Stockholm, International Society for Horticultural Science, European Association for Research on Plant Breeding (EUCARPIA), Julius Kühn-Institut (JKI) Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen, Quedlinburg, The American Phytopathological Society (APS).

Využití sbírky:
• Využití kmenů a izolátů
Viry sbírky jsou podle potřeby používány jako pozitivní kontrola při určování virů obilovin, zeleniny, ovocných dřevin a révy vinné. V této funkci jsou při expertní činnosti pro správnou diagnostiku zcela nezastupitelné. Viry sbírky slouží jako zdroj infekčního materiálu pro testování kandidátských rezistentních odrůd, ověřování odolnosti rostlin proti těmto virům, a pro porovnávání příznaků na indikátorových rostlinách při diagnostice těchto virů. Virů sbírky se využívá při řešení výzkumných projektů. Vzorky ze sbírky virů jsou na požádání k dispozici všem výzkumným, vysokoškolským a diagnostickým pracovištím v ČR.

• Uživatelé, klienti – ČZU Praha, Katedra ochrany rostlin, – MZLU Brno, ZF Lednice, ústav ovocnictví, – VŠÚO Holovousy s.r.o., – SEMO Smržice, – jednotliví vědečtí pracovníci VÚRV, v.v.i.

Kontakt: Pracoviště: VÚRV v.v.i Praha – Ruzyně, Odbor ochrany plodin a zdraví rostlin (OOPZR)

Zodpovědný kurátor: Ing. Jana Brožová, Ph.D.
e-mail: brozova@vurv.cz, tel: 233022388

zástupce: Ing. Jan Ripl e-mail: ripl@vurv.cz, tel. 233 022 468






Sbírka virů okrasných rostlin, (VÚKOZ, v. v. i., Průhonice)

Studium virových chorob okrasných rostlin má ve Výzkumném ústavu Silva Taroucy pro krajinu a okrasné zahradnictví, v.v.i. v Průhonicích dlouholetou tradici. Celkem zde bylo izolováno 37 druhů virů. Většina z nich byla po bližší identifikaci uchovávána v infikovaných listech experimentálních hostitelů nad chloridem vápenatým. Z tohoto materiálu byly vybrány ekonomicky nejdůležitější druhy virů a jejich jednotlivé izoláty se staly základem sbírky virů patogenních pro okrasné rostliny. Sbírka byla začleněna v roce 1997 do Národního programu ochrany genofondu mikroorganizmů a drobných živočichů hospodářského významu a využití v referenční diagnostice.


• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Ve sbírce je udržováno 26 virů zastoupených v současné době 103 izoláty. Jsou to viry: Apple chlorotic mosaic virus (ACLSV) – virus chlorotické skvrnitosti jabloně 1 Arabis mosaic virus (ArMV) – virus mozaiky huseníku 2 Calibrachoa mottle virus (CbMV) – virus skvrnitosti kalibrachoe 1 Chrysanthemum virus B (CVB) – B virus chryzantémy 3 Cucumber mosaic virus (CMV) – virus mozaiky okurky 8 Cymbidium mosaic virus (CyMV) – virus mozaiky cymbidia 2 Dahlia mmosaic virus (DMV) – virus mozaiky jiřiny 1 Dasheen mosaic virus (DsMV) – virus mozaiky kalokázie 2 Hydrangea ring spot virus (HdRSV) – virus kroužkovitosti hortenzie 2 Impatiens necrotic spot virus (INSV)– virus necrotické skvrnitosti balzamíny 5 Odontoglossum ring spot virus (ORSV) – virus kroužkovitosti odontoglosa 2 Pelargonium flower break virus (PFBV) – virus pestrokvětosti pelargónie 5 Petunia asteriod mosaic virus (PetAMV) – virus asteroidní mozaiky petunie 5 Plum pox virus (PPV) – virus šarky švestky 1 Poplar mosaic virus (PopMV) – virus mozaiky topolu 4 Potato virus Y (PVY) – Y virus bramboru 3 Scophularia mottle virus (ScrMV) – virus skvrnitosti skrofulárie 3 Tobacco mosaic virus (TMV) – virus mozaiky tabáku 12 Tobacco necrosis virus (TNV) – virus nekrózy tabáku 9 Tobacco streak virus (TSV) – virus pruhovitosti tabáku 8 Tomato aspermy virus (TAV) – virus aspermie rajčete 5 Tomato bushy stunt virus (ToBSV) – virus keříčkové zakrslosti rajčete 2 Tomato mosaic virus (ToMV) – virus mozaiky rajčete 2 Tomato spotted wilt virus (TSWV) – virus bronzovitosti rajčete 8 Tulip breaking virus (TBV) – virus pestrokvětosti tulipánu 3 Tulip virus X (TVX) – X virus tulipánu 4
Jednotlivé izoláty jsou nejprve testovány biologicky, tj. přenosem šťávy z původního přirozeného hostitele na indikátorové rostliny. Pro tyto testy jsou používány Capsicum annum, Chenopodium quinoa, Chenopodium amaranticolor, Datura stramonium, Mimulus sp., Nicotiana benthamiana, Nicotina debney, Nicotiana glutinosa, Nicotiana megalosiphon, Nicotina occidentalis, Nicotiana rustica, Nicotiana tabacum ‘Samsum’, ‘Xanthi’ a ‘White Burely’ a Petunia hybrida. Po vyhodnocení biologických testů následuje bližší identifikace izolátu sérologickými testy. Antiséra k jednotlivým virům jsou získávána od firem Leowe Biochemica – SRN, DSMZ – SRN, Bioreba – Švýcarsko, B Q Support – Nizozemí, Neogen – Skotsko nebo z výzkumných virologických pracovišť v České republice, Německu, Nizozemí a Velké Británii. Antiséra jsou používána běžně v testech ELISA. Elektronovou mikroskopií (EM) je pak kontrolováno, zda se u daného izolátu nejedná o směsnou infekci s dalším virem. V některých případech je také diagnostika izolátu ověřena imunoelektronovou mikroskopií (IEM). Diagnostika izolátů vybraných druhů virů imunoelektronovou mikroskopií je dokumentována na obr. 1. až obr. ?. U izolátu Tobacco streak virus byla identifikace potvrzena také molekulární metodou RT-PCR.

• Metody uchování kmenů
Izoláty většiny virů jsou dlouhodobě udržovány v infikovaných listech sušených nad chloridem vápenatým (CaCl2) při teplotě 4° C. Listy odebrané z infikovaných rostlin rozstříhané na jemné proužky jsou umístěny do větší Petriho misky, v které je na dně krystalický CaCl2 přikrytý silonovou síťkou. Asi po 20 dnech jsou vysušené vzorky přendány do zkumavek, v kterých je na dně CaCl2 přikrytý kouskem gázy. Zkumavky jsou pak uzavřeny zátkou z buničité vaty překryté mikrotenem a alobalem. Tato metoda je bezproblémová pro konzervaci virů snadno přenosných mechanicky, i když se délka doby uchování infekčnosti liší nejen u jednotlivých virů, ale i u jednotlivých izolátů. U virů přenosných v přirozených podmínkách výlučně vektory uchováváme dlouhodobě také živé infikované rostliny v izolačním skleníku. Když je původním hostitelem cibulnatá nebo hlíznatá rostlina, jsou dále pěstovány také tyto infikované rostliny z cibulí a hlíz, aby byla možnost reizolace viru v případě ztráty infekčnosti v sušených vzorcích. Pokud se jedná o karantenní viry, jsou živé infikované rostliny se souhlasem Státní rostlinolékařské správy umístěny v izolačním klimatizovaném boxu. To se týká virů z rodu Tospovirus (Tomato spotted wilt virus a Impatiens necrotic spot virus). Stejnými metodami, jako byly izoláty původně identifikovány, jsou pak hodnoceny v průběhu dlouhodobé konzervace.

Využití sbírky:
Sbírka virů a příslušných protilátek je využívána pro kontrolní diagnostiku virových infekcí okrasných rostlin. Je k dispozici Státní rostlinolékařské správě na úseku referenční diagnostiky. Izoláty jsou poskytovány také jako pozitivní kontroly pro testy výchozího elitního materiálu balzamín, petunií, jiřinek a tulipánů. U jmenovaných druhů se jedná o šlechtitelský materiál určený pro tuzemské množení a pro vývoz. Soustavně je sbírka využívána pro kontrolní testy rostlin z dovozu, které jsou v ČR dále množeny za účelem rozšíření sortimentu vegetativně množených okrasných rostlin. Jedná se zejména o sledování možné infekce viry z rodu Tospovirus a dalšími viry se širokým spektrem hostitelských rostlin. Řešitelé jsou členy Mezinárodní pracovní skupiny pro výzkum virových chorob okrasných rostlin při ISHS (International Society for Horticultural Science). Členové této pracovní skupiny si vyměňují izoláty virů, poskytují antiséra a informace o výsledcích experimentální práce s viry na okrasných rostlinách. Izoláty jsou poskytovány na požádaní i dalším pracovištím v ČR a v cizině.


Kontakt:

Výzkumný ústav Silva Taroucy pro krajinu a okrasné zahradnictví, v.v.i.
Květnové nám. 391 252 43 Průhonice
tel: +420 296528294, fax: +420 267750440

Kurátor: Ing. et Ing. Dita Šetinová
tel. 296528368
setinova@vukoz.cz

Sbírka patogenů chmele, (ChI, s. r. o., Žatec)

Sbírka byla založena v roce 2003. Hlavní pozornost je věnována patogenům chmele – viry a viroidy.

• Metody uchování kmenů
infikované rostliny chmele, CaCl2, lyofilizace

• Systém kontroly
Každý rok je provedeno sledování patogenů metodou ELISA, hodnocení metodou RT-PCR současně probíhá kontinuální doplňování nových izolátů
Izoláty: ApMV, PNRSV, ArMV, HLV, HMV, HLVd

Využití sbírky:
Diagnostika patogenů – ELISA, fytopatologický – virologie

Uživatelé: SRS, ÚKZÚZ, ČZU Praha

Kontakt:

Chmelařský institut s.r.o., Žatec

Odpovědný pracovník: Ing. Petr Svoboda, CSc.
svoboda@chizatec.cz
+420 415 732 121
fax +420 415 732 150
http://www.chizatec.cz



Sbírka fytopatogenních mikroorganismů UPOC, (PřF UP v Olomouci)

Základ sbírky houbových fytopatogenních mikroorganismů začal Prof. Lebeda budovat již od r. 1977 během svého působení ve Šlechtitelské stanici Sempry ve Smržicích. S jeho nástupem na Katedru botaniky PřF UP v r. 1994 byly do sbírky postupně začleněny i izoláty řas a sinic (garantuje Doc.RNDr. Hašler z oddělení algologie pod vedením prof. Poulíčkové) a sbírka virů a fytoplazem (garantuje prof. Navrátil na Katedře buněčné biologie a genetiky). Sbírka je rozšiřována a doplňována sběrovými expedicemi.

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
V národní databázi je v současnosti zařazeno:
177 izolátů 15 druhů fytopatogenních hub a houbám podobných organismů, 31 kmenů 31 druhů autotrofů (12 sinic a 19 řas), 5 izolátů 4 druhů fytoplazem a 28 izolátů 7 druhů virů další jsou součástí pracovní kolekce.

• Aktivity/výzkumné aktivity Katedry botaniky
Genetická variabilita fytopatogenních hub;
Biodiverzita a genetická variabilita interakcí hostitel-patogen v kulturním a přírodním patosystému;
Mechanismy rezistence v interakcích hostitel-patogen;
Šlechtění rostlin (klasické i biotechnologické přístupy) na rezistenci k chorobám;
Testování rezistence patogenů vůči fungicidům;
Biologie, ekologie a genetika řas a sinic
Epidemiologie, biologie a genetika virů a fytoplazem

• Služby
poskytování kmenů pro nekomerční účely
konzultační a determinační činnost

• Začlenění do národních a mezinárodních organizací/platforem
IBEB (International Bremia Evaluation Board)

• Mezinárodní spolupráce
výměna kmenů, vývoj metodik uchovávání, kultivace a testování rezistence hostitelských rostlin

Využití sbírky:
• Využití kmenů
výuka, výzkum, testování odolnosti rostlin, referenční kmeny pro fytosanitární diagnostiku, konzultační činnost a doškolování odborných pracovníků v oblasti vodohospodářství
• Uživatelé, klienti
studenti, vyučující, vědci, odborní pracovníci ÚKZÚZ, šlechtitelských a vodohospodářských stanic

Kontakt:

Univerzita Palackého v Olomouci
Přírodovědecká fakulta
Katedra botaniky
Šlechtitelů 11
783 71 Olomouc-Holice
webová stránka: http://botany.upol.cz/
fax: 585634824

vedoucí/odpovědný pracovník
Prof. Ing. Aleš Lebeda, DrSc.
ales.lebeda@upol.cz
tel.: 585634800

další pracovníci
Doc. RNDr. Michaela Sedlářová, Ph.D.
michaela.sedlarova@upol.cz
tel.: 585634809

Mgr. Pavla Šiková
Doc. RNDr. Barbora Mieslerová, Ph.D.
RNDr. Božena Sedláková, Ph.D.
Doc. RNDr. Petr Hašler, Ph.D.
Prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc. (Katedra buněčné biologie a genetiky)


Sbírka zoopatogenních mikroorganismů (CAPM),
(VÚVeL, v. v. i., Brno)

Sbírka zoopatogenních mikroorganismů (CAPM) byla založena v roce 1962. V současné době je součástí Oddělení bakteriologie Výzkumného ústavu veterinárního lékařství, v.v.i. v Brně.

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka je zaměřena na získávání, uchovávání a poskytování kultur živočišných virů a zoopatogenních bakterií významných z hlediska veterinární medicíny a obecné a speciální mikrobiologie. CAPM uchovává téměř 600 kmenů virů a více než 1500 kmenů bakterií, přibližně polovina těchto kmenů je nabízena odborné veřejnosti.

• Aktivity/výzkumné aktivity, služby
Hlavní aktivity sbírky jsou spojeny s deponováním, uchováváním a distribucí kultur. CAPM poskytuje kultury mikroorganismů v lyofilizované formě za podmínek uvedených v Dohodě o nakládání s materiálem (MTA).

• Ostatní služby
Deponování kultur bakterií a virů k účelům patentového řízení na národní úrovni; bezpečné uložení kultur v CAPM; lyofilizace kultur nebo jiného biologického materiálu; poradenská činnost.

• Metody uchovávání kmenů
Většina kmenů je uchovávána v lyofilizovaném stavu, v kapalném dusíku a při teplotě -80 °C.

• Systémy kvality, interní normy, správná laboratorní praxe
Laboratorní práce jsou prováděny v souladu se schválenou metodikou „Standardní postup konzervace, uchování, charakterizace a dokumentace genetických zdrojů“.

• Začlenění do národních a mezinárodních organizací/platforem (WFCC, ECCO, FCCM, …), jiné mezinárodní aktivity
Sbírka je členem Světové federace sbírek kultur (World Federation for Culture Collections - WFCC), Organizace evropských sbírek kultur (European Culture Collections' Organisation - ECCO) a Federace československých sbírek mikroorganismů (FCCM).

Využití sbírky:
• Využití kmenů
Sbírkové kmeny jsou využívány zejména k vědecko-výzkumným, diagnostickým a výukovým účelům. Kromě zemědělství, školství či zdravotnictví nalézají uplatnění také v oblasti farmaceutického průmyslu a biotechnologie.
• Uživatelé, klienti
CAPM poskytuje kultury bakterií a virů různým laboratořím, školám a vědeckým institucím v ČR i zahraničí.

Kontakt:

Sbírka zoopatogenních mikroorganismů (CAPM)
Výzkumný ústav veterinárního lékařství,
v.v.i. Hudcova 70,
621 00 Brno
Česká republika
telefon 533 332 131
fax 541 211 229
webové stránky: CAPM

vedoucí/odpovědný pracovník
MVDr. Markéta Reichelová – vedoucí CAPM a kurátorka sbírky bakterií
reichelova@vri.cz

další pracovníci:
Mgr. Hana Malenovská – kurátorka sbírky virů
malenovska@vri.cz


CO2 inkubátor


Kartotéka obsahující informace o deponovaných kmenech virů


Lyofilizátor


Inverzní mikroskop pro pozorování buněčných kultur s virovou infekcí


Bovine respirovirus 3, kmen CAPM V-32


Cowpox virus, kmen CAPM V-158


Rotavirus A, kmen CAPM V-334

Sbírka fytopatogenních virů brambor (VIRUBRA),
(VÚBHB, s. r. o., Havlíčkův Brod)

Sbírka virů patogenních pro brambory byla ve Výzkumném ústavu bramborářském v Havlíčkově Brodě založena v sedmdesátých létech minulého století v souvislosti s řešením výzkumných projektů C 11-329-105-01-07 „Druhy a kmeny virů brambor v podmínkách ĆSSR“ (1976-1978) a C 11-329-105-01-08 „Metody dlouhodobé konzervace a stabilizace virů (1976-1980). Byly propracovány dvě metody dlouhodobé konzervace (lyofilizace šťávy a desikace pletiva nad CaCl2). V rámci řešení projektu R 329 – 103 „Rostlinné biotechnologie ve šlechtění brambor“ (1991 – 1994) byly studovány podmínky převodu a uchování izolátů jednotlivých virů do in vitro a vytvořena tak sbírková kolekce celkem celkem 231 izolátů od šesti virů bramboru. Všechny izoláty jsou i nadále udržována pomocí in vitro technologie, část též zamražené (-80OC), desikované, nebo lyofilizované.

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
V databázi http://www.vurv.cz/collections/collection_oprtrs.htm je nyní v sedmi subkolekcích evidováno 544 položek. 1. Virus svinutky bramboru (PLRV): V kolekci je nyní 61 původních izolátů, udržovaných na rostlinách bramboru na bankovních půdách, z nich však bez kontaminace dalším virem (většinou PVS) je pouze 33 izolátů. Všechny izoláty tohoto viru jsou charakterizovány sérologicky, symptomatologicky a molekulární diagnózou RT-PCR a qRT-PCR. Úplný génom tří izolátů byl sekvenován (VIRUBRA 1 /045, 1/046, 1/047) a uložen v GbeneBank. Izoláty jsou vedeny s katalogovými čísly VIRUBRA 1/001 – VIRUBRA 1/079. 2. Virus Y bramboru (PVY) : Na tabácích je udržováno 12 izolátů, na původních rostlinách bramboru 100 izolátů. Původní i nové izoláty tohoto viru, doplněné o základní charakteristiky, jsou s označením VIRUBRA 2/001 – 2/206 umístěny do databáze na internetu. Kolekci in vitro nyní tvoří celkem 112 izolátů, většina je charakterizovaná na kmenové úrovni. 3. Virus A bramboru ( PVA): Na rostlinách tabáku je nyní v kolekci 5 izolátů PVA a dále 25 izolátů PVA je udržováno na rostlinkách bramboru . V databázi na internetu mají izoláty PVA katalogová čísla VIRUBRA 3/001 – 3/057. Některé izoláty jsou uchovávány též v desikované podobě nad CaCl2 4. Virus M bramboru (PVM) : Je udržováno 43 původních izolátů tohoto viru na rostlinách bramboru. Některé z udržovaných izolátů jsou souběžně kontaminovány též virem S bramboru, pocházejících z původních zdrojů (odrůd bramboru), ze kterých byla izolace provedena. V databázi na internetu jsou vedeny s katalogovými čísly VIRUBRA 4/003 – 4/062. 5. Virus X bramboru (PVX): Kolekci izolátů tohoto viru, udržovaných na původních odrůdách bramboru v podmínkách in vitro, v současné době tvoří 27 položek. Rovněž u tohoto viru je, v důsledku izolace z původních odrůd přítomen též PVS (15 izolátů). Do databáze na internetu jsou izoláty PVX zařazeny s katalogovými čísly VIRUBRA 5/004 – 5/039. 6. Virus S bramboru (PVS) : V kolekci izolátů samotného PVS je v současné době udržováno celkem 262 položek. V databázi na internetu jsou izoláty této rozsáhlé subkolekce uváděny pod katalogovými čísly VIRUBRA 6/001 – 6/407. 7. Další viry a viroidy bramboru : V současné době jsou in vitro na původních odrůdách bramboru udržovány: dva izoláty Viroidu vřetenovitosti hlíz bramboru (PSTVd) a dále dalších 7 izolátů PSTVd získané z okrasných rostlin Solanum jasminoides a S. murricatum, které byly zpětně inokulovány na rostliny bramboru, pět izolátů Viru mop-top bramboru (PMTV), jeden izolát Viru nekrotické kadeřavosti tabáku (TRV), jeden izolát Viru V bramboru (PVV), dva izoláty Viru aukubové mozaiky bramboru (PAMV), jeden izolát Viru drsné zakrslosti bramboru (PRDV). Karanténně významné viry resp. izoláty a viroidy jsou udržovány se souhlasem fytokarantény v souvislosti s pověřením našeho pracoviště k výkonu činnosti referenční laboratoře.
• Současná kolekce izolátů V databázi http://www.vurv.cz/collections/collection_oprtrs.htm je nyní v sedmi subkolekcích evidováno 544 položek. 1. PLRV: V kolekci je nyní 61 původních izolátů, udržovaných na rostlinách bramboru na bankovních půdách, z nich však bez kontaminace dalším virem (většinou PVS) je pouze 33 izolátů. Všechny izoláty tohoto viru jsou charakterizovány sérologicky, symptomatologicky, a molekulární diagnózou RT-PCR a qRT-PCR. Úplný génom tří izolátů byl sekvenován (VIRUBRA 1 /045, 1/046, 1/047) a uložen v GbeneBank. Izoláty jsou vedeny s katalogovými čísly VIRUBRA 1/001 – VIRUBRA 1/079. 2. PVY : Na tabácích je udržováno 12 izolátů, na původních rostlinách bramboru 101 izolátů. Původní i nové izoláty tohoto viru, doplněné o základní charakteristiky, jsou s označením VIRUBRA 2/001 – 2/204 umístěny do databáze na internetu. Kolekci in vitro nyní tvoří celkem 113 izolátů, většina je charakterizovaná na kmenové úrovni. Při -80OC je udržována pracovní sbírka současných izolátů PVY ze sadbových materiálů, která byla hodnocena sérotypově a reakcí na indikátorových rostlinách (tabácích) pro jejich bližší kmenovou charakterizaci. Sbírka obsahuje 2326 položek získaných v roce 2008 a 2009. 3. PVA: Na rostlinách tabáku je nyní v kolekci 5 izolátů PVA a dále 23 izolátů PVA je udržováno na rostlinkách bramboru . V databázi na internetu mají izoláty PVA katalogová čísla VIRUBRA 3/001 – 3/055. 4. PVM : Je udržováno 39 původních izolátů tohoto viru na rostlinách bramboru. Některé z udržovaných izolátů, jsou souběžně kontaminovány též virem S bramboru, pocházejících z původních zdrojů (odrůd bramboru), ze kterých byla izolace provedena. V databázi na internetu jsou vedeny s katalogovými čísly VIRUBRA 4/003 – 4/059. 5. PVX : Kolekci izolátů tohoto viru, udržovaných na původních odrůdách bramboru v podmínkách in vitro, v současné době tvoří 27 položek. Rovněž u tohoto viru je, v důsledku izolace z původních odrůd přítomen též PVS (15 izolátů). Do databáze na internetu jsou izoláty PVX zařazeny s katalogovými čísly VIRUBRA 5/004 – 5/039. 6. PVS : V kolekci izolátů samotného PVS je v současné době udržováno celkem 275 položek. V databázi na internetu je větší část této rozsáhlé subkolekce uváděna pod katalogovými čísly VIRUBRA 6/001 – 6/407. 7. Další viry a viroidy bramboru : V současné době jsou in vitro na původních odrůdách bramboru udržovány: dva izoláty PSTVd, pět izolátů PMTV, jeden izolát TRV, jeden izolát PVV, dva izoláty PAMV, jeden izolát PRDV. Karanténně významné viry resp. izoláty a viroidy jsou udržovány se souhlasem SRS v souvislosti s pověřením našeho pracoviště k výkonu činnosti referenční laboratoře pro karanténní viry u brambor.

• Metody uchování kmenů Vybrané izoláty jednotlivých virů jsou před vlastním převodem do in vitro hodnoceny symptomaticky a pomocí sérologických a biologických testů. V podmínkách in vitro jsou izoláty uchovávány v aseptických podmínkách a v závislosti na výchozí hostitelské rostlině pasážemi pomocí nodálních řízků, případně též u brambor v mikrohlízkách po indukci tuberizace. Při pasážování se řízky převádějí na kultivační půdy, (a tam jsou udržovány v běžném režimu při 20OC s fotoperiodou 14 h), a dále na půdy bankovní, (na půdy se zvýšeným podílem sacharózy), a tam jsou udržovány při teplotě cca 10OC s fotoperiodou 10 h. Každý izolát je na bankovních půdách udržován minimálně ve třech jedincích (zkumavkách), označených identifikačními údaji. Po zpětném převodu na kultivační půdy a vedení v kultivačních podmínkách jsou materiály rozmnožovány do rozsahu potřebného pro provedení potřebných testů. Laboratorní testy jednotlivých izolátů jsou v intervalu 1 – 2 let opakovány jak z rostlinek in vitro, tak z rostlinek převedených do skleníkových podmínek.

Využití sbírky:
Sbírkové izoláty jsou využívány v řadě řešených výzkumných projektů na vlastních i cizích pracovištích, jsou průběžně poskytovány všem diagnostickým laboratořím jako pozitivní kontroly pro sériové testy ELISA a jako pozitivní kontroly v práci referenční laboratoře pro karanténní choroby bramboru virové a viroidní etiologie. Izoláty jsou na vyžádání poskytovány též zájemcům ze zahraničí.

Kontakt:
Výzkumný ústav bramborářský Havlíčkův Brod s.r.o.
Dobrovského 2366
58001 Havlíčkův Brod

• vedoucí/odpovědný pracovník
Ing. Martin Kmoch, Ph.D.
• kontakt e-mail: kmoch@vubhb.cz
tel.: 569 466 231
webové stránky: www.vubhb.cz

Sbírka patogenních virů ovocných dřevin (CFVS),
(VŠÚO Holovousy, s. r. o.)

Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
ve sbírce jsou uchovávány nejčastěji se vyskytující virózy a fytoplazmy u ovocných druhů (ApMV, ACLSV, ASGV, ASPV, CPM u jabloní, ACLSV, ASGV, ASPV, CPP u hrušní, PPV, ACLSV, PNRSV, PDV u slivoní, ACLSV, PNRSV, PDV u třešní a višní o dále jsou zastoupeny některé viry drobného ovoce (CLRV, RBDV u maliníku)

• Aktivity/výzkumné aktivity, služby
péče o položky sbírky – řez, hnojení, zálivka u rostlin kultivovaných ve skleníku pravidelné pasážování na čerstvé médium u položek sbírky kultivovaných in vitro • Metody uchování kmenů ve sbírkovém skleníku v kultivačních nádobách se standardním pěstebním substrátem v kulturách in vitro v Erlenmayerových baňkách na agarovém médiu v kultivačním boxu

• Systémy kvality, interní normy, správná laboratorní praxe
sytém kvality není zaveden, práce se řídí pravidly všeobecné bezpečnosti práce a pravidly práce v laboratořích

• Začlenění do národních a mezinárodních organizací/platforem (WFCC, ECCO, FCCM, …), jiné mezinárodní aktivity
sbírka dosud není zařazena do mezinárodního systému, mezinárodní aktivity nejsou uskutečňovány

Využití sbírky:
• Využití kmenů pozitivní kontroly při testování rozmnožovacího materiálu poskytování kmenů k výzkumným účelům • Uživatelé, klienti laboratoř VŠÚO Holovousy s.r.o. laboratoř ÚKZÚZ Brno

Kontakt:
Pracoviště: VŠÚO Holovousy, s.r.o.
Zodp. řešitel: Mgr. Lucie Valentová
e-mail: lucie.valentova@vsuo.cz,
tel: 491848221